MicroGMT：SARS-CoV-2をはじめとする微生物ゲノム配列の変異トラッカー

MicroGMT: A Mutation Tracker for SARS-CoV-2 and Other Microbial Genome Sequences.

• Yue Xing
• Xiao Li
• Xiang Gao
• Qunfeng Dong

抄録

SARS-CoV-2ウイルスの世界的な広がりが続く中、研究者はウイルスの分子進化や疫学を研究するために、新たに配列決定されたSARS-CoV-2ゲノム中の新規変異を迅速に同定する必要があります。私たちは、生のシーケンスリードまたはアセンブルされたゲノム配列を入力として受け取り、データベース配列と比較することで、インデルや点突然変異を同定し、特徴づけるPythonパッケージMicroGMTを開発しました。デフォルトではSARS-CoV-2ウイルスに最適化されていますが、他の微生物ゲノムにも適用できます。本ソフトウェアは Github URL https://github.com/qunfengdong/MicroGMT で自由に利用できます。

With the continued spread of SARS-CoV-2 virus around the world, researchers often need to quickly identify novel mutations in newly sequenced SARS-CoV-2 genomes for studying the molecular evolution and epidemiology of the virus. We have developed a Python package, MicroGMT, which takes either raw sequence reads or assembled genome sequences as input and compares against database sequences to identify and characterize indels and point mutations. Although our default setting is optimized for SARS-CoV-2 virus, the package can be also applied to any other microbial genomes. The software is freely available at Github URL https://github.com/qunfengdong/MicroGMT.

Copyright © 2020 Xing, Li, Gao and Dong.