ヒトT細胞受容体レパートリーにおける共有クローンタイプの高頻度

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Cell Rep.2020 Jul;32(2):107882. S2211-1247(20)30863-9. doi: 10.1016/j.celrep.2020.107882.

ヒトT細胞受容体レパートリーにおける共有クローンタイプの高頻度

High Frequency of Shared Clonotypes in Human T Cell Receptor Repertoires.

Cinque Soto
Robin G Bombardi
Morgan Kozhevnikov
Robert S Sinkovits
Elaine C Chen
Andre Branchizio
Nurgun Kose
Samuel B Day
Mark Pilkinton
Madhusudan Gujral
Simon Mallal
James E Crowe

PMID: 32668251 DOI: 10.1016/j.celrep.2020.107882.

抄録

体細胞組換えによって生成されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）のコレクションは膨大であるが、未知のものである。我々は、健康と疾患におけるTCRクローンタイプとレパートリーの役割の詳細な研究を促進するためのリソースとして、大規模なTCRレパートリーデータセットを生成します。我々は、配列解析によって個々のヒトの再結合および発現TCRのサイズを推定し、個々のレパートリー間の共有の程度を決定する。我々の実験では、各血液サンプルには500万から2100万のTCRクローンタイプが含まれていることが明らかになった。3人の個体は、TCRβ-鎖クローンタイプの8％または11％のTCRα鎖クローンタイプを共有している。4人の個体のTcell表現型でソートすると、ナイーブCD4+サブセットの5％とナイーブCD8+サブセットの3.5％がTCRβクローンタイプを共有しているのに対し、メモリーCD4+サブセットとCD8+サブセットはそれぞれ2.3％と0.4％のTCRβクローンタイプを共有していることがわかった。これらの共有TCRクローンタイプの配列を同定し、ヒトT細胞生物学の研究に有用であることを明らかにした。

The collection of T cell receptors (TCRs) generated by somatic recombination is large but unknown. We generate large TCR repertoire datasets as a resource to facilitate detailed studies of the role of TCR clonotypes and repertoires in health and disease. We estimate the size of individual human recombined and expressed TCRs by sequence analysis and determine the extent of sharing between individual repertoires. Our experiments reveal that each blood sample contains between 5 million and 21 million TCR clonotypes. Three individuals share 8% of TCRβ- or 11% of TCRα-chain clonotypes. Sorting by T cell phenotypes in four individuals shows that 5% of naive CD4+ and 3.5% of naive CD8+ subsets share their TCRβ clonotypes, whereas memory CD4+ and CD8+ subsets share 2.3% and 0.4% of their clonotypes, respectively. We identify the sequences of these shared TCR clonotypes that are of interest for studies of human T cell biology.