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西オーストラリア原産のマメ科植物の結節から分離されたsp
sp. nov., sp. nov. and sp. nov., isolated from nodules of legumes indigenous to Western Australia.
PMID: 32667875 DOI: 10.1099/ijsem.0.004322.
抄録
本属はすべての根粒菌の祖先系統と考えられており，多様な生態系に広く分布し，多様性に富んでいる。西オーストラリアに自生するマメ科植物から分離された8株のブラジルリゾビアの分類学的位置を明らかにするために、多相研究を行った。属として予想されたように16S rRNA遺伝子の配列は高度に保存されていたが，4つのハウスキーピング遺伝子（，）を用いた多系統配列解析の結果，以下の菌株を含む3つの新しい明瞭なクラッドが確認された。(1)WSM 1744、WSM 1736およびWSM 1737、(2)WSM 1791およびWSM 1742、(3)WSM 1741、WSM 1735およびWSM 1790であった。最も近い型の株との関係での3群の最高ANI値は、それぞれ92.4、92.3および93.3"Zs_200A"%であり、種の周縁化のしきい値を下回っていた。また、デジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション解析により、最も近い型株との関連性は52"Zs_200A"%以下であり、新種の記載が確認された。共生遺伝子の系統解析では、8つの菌株は7つの型株と一緒に共生株網目に分類され、94.2-98.1"Zs_200A"%以上のヌクレオチド同一性（NI）を共有し、他の近縁株や共生株とは88.7"Zs_200A"%以下のNIを共有していた。形態生理学的、系統学的、ゲノム学的および共生形質が決定され、WSM 1744 (=CNPSo 4013=LMG 31646)、WSM 1791 (=CNPSo 4014=LMG 31647)およびWSM 1741 (=CNPSo 4020=LMG 31651)がそれぞれ型株として指定された3つの新種、sp.
The genus is considered as the probable ancestor lineage of all rhizobia, broadly spread in a variety of ecosystems and with remarkable diversity. A polyphasic study was performed to characterize and clarify the taxonomic position of eight bradyrhizobial strains isolated from indigenous legumes to Western Australia. As expected for the genus, the 16S rRNA gene sequences were highly conserved, but the results of multilocus sequence analysis with four housekeeping genes (, and ) confirmed three new distinct clades including the following strains: (1) WSM 1744, WSM 1736 and WSM 1737; (2) WSM 1791 and WSM 1742; and (3) WSM 1741, WSM 1735 and WSM 1790. The highest ANI values of the three groups in relation to the closest type strains were 92.4, 92.3 and 93.3 %, respectively, below the threshold of species circumscription. The digital DNA-DNA hybridization analysis also confirmed new species descriptions, with less than 52 % relatedness with the closest type strains. The phylogeny of the symbiotic gene clustered the eight strains into the symbiovar retamae, together with seven type strains, sharing from 94.2-98.1 % nucleotide identity (NI), and less than 88.7 % NI with other related strains and symbiovars. Morpho-physiological, phylogenetics, genomic and symbiotic traits were determined for the new groups and our data support the description of three new species, sp. nov., sp. nov. and , with WSM 1744 (=CNPSo 4013=LMG 31646), WSM 1791 (=CNPSo 4014=LMG 31647) and WSM 1741 (=CNPSo 4020=LMG 31651) designated as type strains, respectively.