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大規模な低悪性度グリオーマコホートをベースとした予後関連mRNA代替スプライシングランドスケープと新規スプライシング因子のゲノムワイド解析
Genome-wide analyses of the prognosis-related mRNA alternative splicing landscape and novel splicing factors based on large-scale low grade glioma cohort.
PMID: 32658870 DOI: 10.18632/aging.103491.
抄録
代替スプライシング（AS）の変化は治療効果を予測する上で重要であると考えられている。我々は、低悪性度神経膠腫（LGG）の予後マーカーとしてのスプライシング因子（SF）の役割を明らかにすることを目的とした。The Cancer Genome Atlasに掲載されているLGG腫瘍516例のコホートからRNA-seqデータをダウンロードし、LASSO回帰とCox比例回帰を用いて独立した予後因子を解析し、SF関連の生存ASイベント間の相関関係に基づくネットワークを構築した。当センターから免疫組織化学的に100人の患者を集め、χ2検定とCoxおよびKaplan-Meier解析を用いて生存期間を解析した。LGGに関連したASイベント9,616件をスクリーニングし、確立された関連モデルと同様に同定した。LGGの特異的なスプライシングパターンを解析することで、16の遺伝子をスクリーニングし、LGG患者のリスクを層別化する予後モデルを構築した。検証の結果、LGG組織における予後モデルの発現レベルが上昇し、高発現の患者では予後が悪化することが明らかになった。以上のことから，LGGの進行におけるSFとASイベントの役割を明らかにし，臨床的意義についての洞察を提供し，LGG関連ASの将来的な探索に役立つ可能性がある．
Alternative splicing (AS) changes are considered to be critical in predicting treatment response. Our study aimed to investigate differential splicing patterns and to elucidate the role of splicing factor (SF) as prognostic markers of low-grade glioma (LGG). We downloaded RNA-seq data from a cohort of 516 LGG tumors in The Cancer Genome Atlas and analyzed independent prognostic factors using LASSO regression and Cox proportional regression to build a network based on the correlation between SF-related survival AS events. We collected 100 patients from our center for immunohistochemistry and analyzed survival using χ2 test and Cox and Kaplan-Meier analyses. A total of 9,616 AS events related to LGG were screened and identified as well as established related models. Through analyzing specific splicing patterns in LGG, we screened 16 genes to construct a prognostic model to stratify the risk of LGG patients. Validation revealed that the expression level of the prognostic model in LGG tissue was increased, and patients with high expression showed worse prognosis. In summary, we demonstrated the role of SFs and AS events in the progression of LGG, which may provide insights into the clinical significance and aid the future exploration of LGG-associated AS.