日本語AIでPubMedを検索
動脈硬化誘発性虚血性脳卒中における変化したlncRNAのトランスクリプトームプロファイル
Altered lncRNAs Transcriptomic Profiles in Atherosclerosis-Induced Ischemic Stroke.
PMID: 32653974 DOI: 10.1007/s10571-020-00918-y.
抄録
ロングノンコーディングRNA（lncRNA）は、遺伝子の転写や翻訳を制御するだけでなく、エピジェネティック修飾因子として中枢神経系疾患の発症にも関与している。しかし、動脈硬化誘発性虚血性脳卒中（AIIS）における機能的意義は不明である。本研究では、異なる発現を示すlncRNA（delncRNA）をスクリーニングし、AIISの病態生理におけるそれらの潜在的な制御機構を解明することを目的とした。臨床病理学的特徴と臨床画像をもとに、AIIS患者10名をスクリーニングし、健常者10名をリクルートした。次に、マイクロアレイを用いて被験者の全血RNAを検出し、GO解析とKEGG解析によりdelncRNAの生物学的機能を探索した。THP-1をox-LDLで刺激した際のdelncRNAをさらに解析した後、選択的なlncRNAをスクリーニングし、共発現解析により対応するlncRNA-mRNA相互作用ネットワークを構築した。その結果、180個のdelncRNA（アップレギュレート44個、ダウンレギュレート136個）と218個のdemRNA（アップレギュレート45個、ダウンレギュレート173個）が得られました。Lnc-SCARNA8とlnc-SNRPN-2は、それぞれAIISで最も有意に上昇したlncRNAであり、減少したlncRNAであった。これらのdelncRNAは、ユビキチン化を介したタンパク質分解シグナル伝達経路において重要な役割を果たしている可能性がある。lncRNA-mRNAネットワークによると、液胞タンパク質ソーティング13ホモログB（VPS13B）とビリベルジン還元酵素B（BLVRB）の発現が有意に制御されていた。これらの知見は、ユビキチン化プロテアソーム経路、VPS13BおよびBLVRBがAIISの病理過程において基本的な役割を果たしている可能性を示唆している。
Long non-coding RNAs (lncRNAs) can not only regulate gene transcription and translation, but also participate in the development of central nervous system diseases as epigenetic modification factors. However, their functional significance in atherosclerosis-induced ischemic stroke (AIIS) is unclear. The study aimed to screen out differentially expressed lncRNAs (delncRNAs), and to elucidate their potential regulatory mechanisms in the pathophysiology of AIIS. Based on the clinicopathological features and clinical images, we screened out 10 patients with AIIS and recruited 10 healthy volunteers. Then we used microarray to detect the whole blood RNA of subjects, and explored the biological functions of delncRNAs by GO and KEGG analysis. After further analyzing the delncRNAs of THP-1 stimulated with ox-LDL, selective lncRNAs were screened and a corresponding lncRNA-mRNA interaction network was constructed through co-expression analysis. We yielded 180 delncRNAs (44 up-regulated and 136 down-regulated) and 218 demRNAs (45 up-regulated and 173 down-regulated). Lnc-SCARNA8 and lnc-SNRPN-2 are the most significant elevated and decreased lncRNA in AIIS, respectively. The delncRNAs may play a significant role in ubiquitination-mediated protein degradation signaling pathways. According to lncRNA-mRNA network, the expression of vacuolar protein sorting 13 homolog B (VPS13B) and biliverdin reductase B (BLVRB) were significantly regulated. Our findings suggest that the ubiquitinated proteasome pathway, VPS13B and BLVRB may play a fundamental role in the pathological process of AIIS.