QIAGEN Investigator® Quantiplex® pro RGQキットを使用した量と質の指標の性能評価

Assessing the performance of quantity and quality metrics using the QIAGEN Investigator® Quantiplex® pro RGQ kit.

• Jack Morrison
• Suzzanne McColl
• Jari Louhelainen
• Kayleigh Sheppard
• Ashley May
• Linus Girdland-Flink
• Giles Watts
• Nick Dawnay

抄録

Quantiplex® Pro RGQ キットは、サンプル中の DNA を定量し、混合物の検出をサポートし、増幅された常染色体マーカーと男性マーカーの相対比に基づいて DNA の分解の程度を評価します。データによると、このキットとPromega PowerQuant® システムとの間には、定量の精度と感度に大きな違いはありません。実験室で管理された男性と女性の混合DNAサンプルと性的暴行の模擬サンプルが、混合比の範囲で定量されました。分析ソフトウェアは、両方の定量キットについて、すべての比率で混合DNAサンプルを検出した。その後、Investigator® 24Plex QSキットを用いたSTR分析では、男性：女性のDNA比率が1:25になるまで混合物の検出を確認することができましたが、それを超えると、混合物は単一ソースの女性サンプルと同一に見えました。分析ソフトウェアは実験室で分解されたDNAサンプルも検出し、データは分解指数（DI）と超音波処理時間の長さの間に正の傾向を示した。古代遺物に使用した場合、この分析法はさらなる分析のためにサンプルをトリアージすることができ、STRプロファイルはすべてのケースでDNA定量結果と一致していた。実験室で管理された感度、混合物、分解研究のSTR分析は、定量化から得られた品質指標を支持するものであった。これらのデータは、法医学的ケースワークや古代DNA研究におけるサンプルのスクリーニングや定量にQuantiplex® Pro RGQキットを使用することを支持しています。

The Quantiplex® Pro RGQ kit quantifies DNA in a sample, supports the detection of mixtures and assesses the extent of DNA degradation based on relative ratios of amplified autosomal and male markers. Data show no significant difference in the accuracy and sensitivity of quantification between this and the Promega PowerQuant® System, both detecting the lowest amount of DNA tested, 4 pg. Laboratory controlled mixed male:female DNA samples together with mock sexual assault samples were quantified across a range of mixture ratios. Analysis software detected mixed DNA samples across all ratios for both quantification kits. Subsequent STR analysis using the Investigator® 24Plex QS Kit was able to corroborate mixture detection down to 1:25 male:female DNA ratios, past which point mixtures appeared identical to single-source female samples. Analysis software also detected laboratory degraded DNA samples, with data showing a positive trend between the Degradation Index (DI) and length of time of sonication. When used on ancient remains the assay was able to triage samples for further analysis, and STR profiles were concordant with DNA quantification results in all instances. STR analyses of laboratory-controlled sensitivity, mixture, and degradation studies supports the quality metric obtained from quantification. These data support the use of the Quantiplex® Pro RGQ kit for sample screening and quantification in forensic casework and ancient DNA studies.

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