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リンパ性新生物における全ゲノムシークエンシングから免疫グロブリン遺伝子再配列と発がん性転座を再構築するためのIgCaller
IgCaller for reconstructing immunoglobulin gene rearrangements and oncogenic translocations from whole-genome sequencing in lymphoid neoplasms.
PMID: 32636395 PMCID: PMC7341758. DOI: 10.1038/s41467-020-17095-7.
抄録
免疫グロブリン（Ig）遺伝子再配列および発がん性転座は、B細胞新生物の特徴付けおよび臨床的および生物学的特徴の異なる患者の層別化の際に、サンガーシークエンシング、標的化次世代シークエンシング、または蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）を用いて評価することが日常的に行われている。現在のところ、Ig遺伝子座が複雑であるため、全ゲノムシークエンシング（WGS）データから完全なIg特性を抽出することはできない。ここでは、短読WGSデータからIg遺伝子再配列と癌化転座を完全に特徴づけるために設計されたアルゴリズムであるIgCallerを紹介する。B細胞新生物の異なるサブタイプからなる404人の患者のコホートを用いて、IgCallerが重鎖と軽鎖の再配列を同定し、その機能性、体細胞突然変異の状態、クラススイッチ組換え、および発癌性Ig転座に関する追加情報を提供することを実証した。このように、我々のデータは、Ig遺伝子座の遺伝的特性を研究するためのサンガー配列決定やFISHに代わる信頼性の高い代替手段としてIgCallerを支持する。
Immunoglobulin (Ig) gene rearrangements and oncogenic translocations are routinely assessed during the characterization of B cell neoplasms and stratification of patients with distinct clinical and biological features, with the assessment done using Sanger sequencing, targeted next-generation sequencing, or fluorescence in situ hybridization (FISH). Currently, a complete Ig characterization cannot be extracted from whole-genome sequencing (WGS) data due to the inherent complexity of the Ig loci. Here, we introduce IgCaller, an algorithm designed to fully characterize Ig gene rearrangements and oncogenic translocations from short-read WGS data. Using a cohort of 404 patients comprising different subtypes of B cell neoplasms, we demonstrate that IgCaller identifies both heavy and light chain rearrangements to provide additional information on their functionality, somatic mutational status, class switch recombination, and oncogenic Ig translocations. Our data thus support IgCaller to be a reliable alternative to Sanger sequencing and FISH for studying the genetic properties of the Ig loci.