ゲノムワイドDNAメチロム解析により、急性骨髄性白血病患者の臨床転帰が異なるメチル化サブタイプが明らかになった。

Genome-wide DNA methylome analysis reveals methylation subtypes with different clinical outcomes for acute myeloid leukemia patients.

• Haiyan Gao
• Xin He
• Qiang Li
• Ying Wang
• Yaoyao Tian
• Xi Chen
• Jinghua Wang
• Yan Guo
• Wei Wang
• Xiaoyun Li

抄録

白血病は、リンパ腫に次いで2番目に多い血液がんであり、その発症率は近年増加傾向にあります。急性骨髄性白血病（AML）は、白血病の中でも有病率の高い疾患の一つです。これまでの研究では、AML患者のメチル化プロファイルを調べてきましたが、ゲノムワイドなメチル化サブタイプはまだ明らかにされていません。本研究では、CGI、CGI岸、CGI棚、オープンシーのゲノムコンテクストにおけるメチル化プロファイルに基づいて、AMLサンプルの3つのメチル化サブタイプを同定した。これら3つのサブタイプの分子特性と臨床的要因を解析した結果、サブタイプ間で異なるメチル化パターンと臨床転帰が明らかになった。さらに解析を進めていくと、サブタイプ依存性のマーカー遺伝子とそのプロモーターCpG部位が制御機能を持つことが明らかになった。最後に、AML患者の年齢とメチル化パターンを組み合わせることで、より良い臨床転帰分類が可能であることを明らかにした。以上の結果から、AMLのメチル化サブタイプとそのマーカー遺伝子が明らかになり、AML患者の臨床治療や精密医療の開発に役立つ可能性があると考えられる。

Leukemia is the second common blood cancer after lymphoma, and its incidence rate has an increasing trend in recent years. Acute myeloid leukemia (AML) is one of the prevalent forms of leukemia. Although previous studies have investigated the methylation profile for AML patients, the AML methylation subtypes based on the genome-wide methylome are still unclear. In the present study, we identified three methylation subtypes for AML samples based on the methylation profiles at CGI, CGI shore, CGI shelf, and opensea genomic contexts. Analyzing the molecular characteristics and clinical factors of the three subtypes revealed different methylation patterns and clinical outcomes between them. Further analysis revealed subtype dependent marker genes and their promoter CpG sites with regulatory function. Finally, we found that combining the AML patient age and methylation pattern brought better clinical outcome classification. In conclusion, we identified AML methylation subtypes and their marker genes, these results may help to excavate potential targets for clinical therapy and the development of precision medicine for AML patients.

© 2020 The Authors. Cancer Medicine published by John Wiley & Sons Ltd.