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STRinNGS v2.0.STRシーケンシングデータの解析とレポート作成のためのツールが改良されました
STRinNGS v2.0: Improved tool for analysis and reporting of STR sequencing data.
PMID: 32623352 DOI: 10.1016/j.fsigen.2020.102331.
抄録
ショートタンデムリピート（STR）を持つマルチプレックスPCRアンプリコンのハイスループットシークエンシングには、情報をソートし、データ解析者に詳細な情報を提供することなく、結果の包括的な概要を提供するソフトウェアソリューションが必要です。ここでは、STR解析ツールSTRinNGSのアップデート版（2.0）を紹介します。これはDockerイメージまたはダウンロード可能なzipファイルとして無償で提供されています。STRinNGSは、読みの深さ、ノイズ、フランキング領域の長さ、フランキング領域のミスマッチ、遺伝子座のバランス、ヘテロ接合体のバランスを基準にして、遺伝子型を予測します。警告フラグは、疑わしい遺伝子型と、手動解析に使用した結果表ではノイズや対立遺伝子として識別されなかった疑わしい配列を強調表示します。STRinNGSは、STRとその近傍領域の両方を解析し、STRidERのガイドラインと、その近傍領域のバリアントを含む独自の命名法に従って対立遺伝子に名前を付けます。さらに、STRinNGSは、STRidERデータベースに直接アップロードできるような形式で分析データのファイルを生成します。8つの異なるMiSeq FGxランから得られた627サンプルのファイルをSTRinNGS v2.0で再解析しました。これらのサンプルは、ForenSeq™ Signature Prep Kitを使用してタイピングし、STRinNGS v1.0とUniversal Analysis Softwareを使用して分析しました。大きなヘテロ接合体のアンバランス（Penta EとD22S1045）または頻繁に1塩基のエラー（DYS461）を持つ3つのパフォーマンスの悪い遺伝子型コールを除いて、手作業で修正しなければならなかったのは58の遺伝子型コール（0.2％）のみであり、以前の解析と不一致した遺伝子型コールは14個のみであった。これらの不一致は主に手作業の見落としによるものであり、すべてのケースでSTRinNGS v2.0の解析は正しかった。
High throughput sequencing of multiplexed PCR amplicons with Short Tandem Repeats (STRs) requires software solutions that sort the information and allow a comprehensive overview of the results without overwhelming the data analyst with details. Here, we present an updated version (2.0) of the STR analysis tool STRinNGS. It is freely available as a Docker image or zip file ready for downloading. STRinNGS predicts genotypes using criteria for read depth, noise, flanking region lengths, mismatches in the flanking regions, locus balance, and heterozygote balance. Warning flags highlight suspicious genotypes as well as suspicious sequences that are not identified as either noise or alleles in the result table used for the manual analysis. STRinNGS analyses both the STR and the flanking regions, and names the alleles according to the STRidER guidelines as well as an in-house nomenclature that also include variants in the flanking regions. Furthermore, STRinNGS generates files with analysed data in a format that may be uploaded directly to the STRidER database. We re-analysed 627 sample files from eight different MiSeq FGx runs with STRinNGS v2.0. The samples were previously typed with the ForenSeq™ Signature Prep Kit and analysed with STRinNGS v1.0 and the Universal Analysis Software. Apart from three poorly performing loci with large heterozygote imbalances (Penta E and D22S1045) or frequent single nucleotide errors (DYS461), only 58 genotype calls (0.2 %) had to be manually corrected and only 14 genotype calls were discordant with the previous analyses. The discordant calls were primarily caused by manual oversights and in every case, the STRinNGS v2.0 analysis was correct.
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