重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2の高速、高感度、フルゲノムシークエンシング

Rapid, Sensitive, Full-Genome Sequencing of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2.

• Clinton R Paden
• Ying Tao
• Krista Queen
• Jing Zhang
• Yan Li
• Anna Uehara
• Suxiang Tong

抄録

一次サンプルから高品質で完全長の重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2のゲノムを生成するための有効なプロトコルを説明します。1つのプロトコルは、マルチプレックス逆転写PCRを使用し、その後MinIONまたはMiSeqシーケンスを使用し、他のプロトコルは、シングルプレックス、ネストされた逆転写PCRとSangerシーケンスを使用しています。これらのプロトコルにより、異なる実験室環境でも高感度のウイルスシーケンシングが可能になります。

We describe validated protocols for generating high-quality, full-length severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 genomes from primary samples. One protocol uses multiplex reverse transcription PCR, followed by MinION or MiSeq sequencing; the other uses singleplex, nested reverse transcription PCR and Sanger sequencing. These protocols enable sensitive virus sequencing in different laboratory environments.