トルコ産Rubus spp.由来の新規植物ウイルスの同定と分子解析

Identification and molecular characterization of a novel foveavirus from Rubus spp. in Turkey.

• Mona Gazel
• Vahid Roumi
• Kivilcim Ördek
• Francois Maclot
• Sebastien Massart
• Kadriye Çağlayan

抄録

わずかに発芽症状を示すラズベリー植物から、新規植物ウイルスをハイスループットシーケンシング解析により同定した。このウイルスの全ゲノム配列は、5'および3'UTRを含む8645ヌクレオチドの長さである。このウイルスのゲノムは5つのORFを含み、ゲノム構成、TGBの存在、RdRpとCPタンパク質の大きさの点でFoveavirus属（Quinvirinae, Betaflexiviridae）のメンバーに非常に近い。この新規ウイルスは，ポリメラーゼ（RdRp）遺伝子とCP遺伝子に基づいて，Betaflexifiviridaeの他の属と33.5〜51.3％，23.3〜41.3％のヌクレオチド同一性を共有していた．他のフォアウイルスと比較して，RdRpタンパク質はモモクロロティックモットルウイルス（PCMV）のRdRpと最も高い配列同一性（45.3％）を示したが，CPタンパク質の最大の配列同一性はグレープバインルペストリス・ステムピッティング関連ウイルス（GRSPaV）と33.9％であった．既知のフォビアウイルスとの低いヌクレオチドおよびアミノ酸配列同一性から，このウイルスは新規ウイルスであることが示唆され，仮の名称「rubus virus 1 (RuV1)」が提案された．系統解析の結果，このウイルスはフォベウイルス属の新種であることが示唆された．トルコの6州で栽培された537のRubus spp.のサンプルを調査した結果、RuV1の有病率は2.2%であり、1つの州でラズベリーとブラックベリーの両方の植物に存在することが確認された。

A novel plant virus was identified by high-throughput sequencing analysis from a raspberry plant showing slight mottling symptom. The complete genome sequence of this virus is 8645 nucleotides long, including the 5' and 3' UTRs. Its genome contains five ORFs and is very close to members of the genus Foveavirus (Quinvirinae, Betaflexiviridae) in terms of genome organization, TGB presence and the sizes of the RdRp and CP proteins. The novel virus shares 33.5-51.3 % and 23.3-41.3 % nucleotide identity to other genera of the Betaflexifiviridae family based on polymerase (RdRp) and CP genes, respectively. Compared to other foveavirus species, the RdRp protein showed the highest sequence identity (45.3 %) to the RdRp of peach chlorotic mottle virus (PCMV) while the maximal sequence identity for the CP protein was 33.9 % with grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV). The low nucleotide and amino acid sequence identity with known foveaviruses indicated that it was a novel virus, for which the provisional name "rubus virus 1 (RuV1)" is proposed. The phylogenetic analysis supports the assignment of this virus as a new species of the genus Foveavirus. A survey of 537 Rubus spp. samples grown in six provinces of Turkey, including some symptomatic samples, showed a RuV1 prevalence of 2.2 %, confirming its presence in both raspberry and blackberry plants in a single province, although no obvious association between virus infection and specific symptoms was found.

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