シソ科コブレシア属初の染色体レベルのゲノム配列

Genome sequence of Kobresia littledalei, the first chromosome-level genome in the family Cyperaceae.

• Muyou Can
• Wei Wei
• Hailing Zi
• Magaweng Bai
• Yunfei Liu
• Dan Gao
• Dengqunpei Tu
• Yuhong Bao
• Li Wang
• Shaofeng Chen
• Xing Zhao
• Guangpeng Qu

抄録

コブレシア属植物は青海チベット高原の重要な飼料資源であり、草原の生態バランスを維持するために不可欠な植物である。したがって、青海チベット高原におけるコブレシア属植物のゲノム資源を入手し、その適応特性を研究することは有益である。我々は、Kobresia littledalei C. B. Clarkeのゲノムをアセンブルした。B.クラークのゲノムは約373.85Mbであった。PacBio、Illumina、Hi-Cシーケンシングデータを組み合わせて、96.82%の塩基が29個の擬似染色体に付着していた。アノテーションの追加調査により、23,136個のタンパク質をコードする遺伝子が同定された。これらのうち98.95%が機能的にアノテーションされていた。系統解析によると、シモ科のK. littledaleiは、約1億1430万年前にブロメリア科のAnanas comosusから分離し、約9,760万年前にイネ科から分離したと考えられている。K. littledaleiについては、染色体レベルで高品質なゲノムを同定しました。これは、キク科の種のリファレンスゲノムが確立された初めての事例です。このゲノムは、高地や寒冷地の環境への植物の適応過程に焦点を当てた研究の一助になると期待されます。

Kobresia plants are important forage resources in the Qinghai-Tibet Plateau and are essential in maintaining the ecological balance of grasslands. Therefore, it is beneficial to obtain Kobresia genome resources and study the adaptive characteristics of Kobresia plants in the Qinghai-Tibetan Plateau. We assembled the genome of Kobresia littledalei C. B. Clarke, which was about 373.85 Mb in size. 96.82% of the bases were attached to 29 pseudo-chromosomes, combining PacBio, Illumina and Hi-C sequencing data. Additional investigation of the annotation identified 23,136 protein-coding genes. 98.95% of these were functionally annotated. According to phylogenetic analysis, K. littledalei in Cyperaceae separated from Poaceae about 97.6 million years ago after separating from Ananas comosus in Bromeliaceae about 114.3mya. For K. littledalei, we identified a high-quality genome at the chromosome level. This is the first time a reference genome has been established for a species of Cyperaceae. This genome will help additional studies focusing on the processes of plant adaptation to environments with high altitude and cold weather.