MDR Klebsiella variicolaの比較ゲノム解析と特徴付け

/ /

日本語AIでPubMedを検索

PubMedの提供する医学論文データベースを日本語で検索できます。AI(Deep Learning)を活用した機械翻訳エンジンにより、精度高く日本語へ翻訳された論文をご参照いただけます。

Genomics.2020 Sep;112(5):3179-3190. S0888-7543(19)30611-1. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.06.004.Epub 2020-06-03.

MDR Klebsiella variicolaの比較ゲノム解析と特徴付け

Comparative genome analysis and characterization of a MDR Klebsiella variicola.

Vijaya Bharathi Srinivasan
Govindan Rajamohan

PMID: 32504650 DOI: 10.1016/j.ygeno.2020.06.004.

抄録

Klebsiella variicolaは，ヒトの血液感染症，尿路・呼吸器系疾患の原因となる新興病原体である。本報告では，インドから分離されたK. variicola株KV093のゲノム配列データと表現型の特徴について述べる。比較ゲノム配列解析の結果，病原性，鉄の獲得と輸送，1型と3型の繊毛，莢膜遺伝子群を含む分泌系に関連する遺伝子の存在が明らかになった。また、窒素固定、成長、酸化ストレスに対する防御機構などの植物関連遺伝子も同定された。抗生物質感受性試験、生育阻害試験、ストレスチャレンジアッセイを実施したところ、薬剤耐性を有する K. variicola KV093 は、様々な抗生物質、消毒剤を含む防腐剤に対して交差耐性を示すことが確認された。この報告書では、K. variicola KV093 の病原性と抗生物質耐性の決定因子に焦点を当て、特にインドにおける K. variicola 株の定期的なサーベイランスの必要性を強調しています。

Klebsiella variicola is an emerging pathogen responsible for causing blood-stream infections, urinary and respiratory tract related diseases in humans. In this report, we describe the genome sequence data and phenotypic characterization of K. variicola strain KV093 isolated from India. Comparative genome sequence analysis revealed the presence of genes linked with virulence, iron acquisition and transport, type 1 and type 3 pili, secretion systems including the capsular gene cluster. The plant-associated genes such as nitrogen fixation, growth and defense mechanisms against oxidative stress were also identified. On performing antibiotic susceptibility testing, growth inhibition, and stress challenge assays it was observed that the drug resistant K. variicola KV093 exhibited cross resistance to various antibiotics, antiseptics, including disinfectants. This report highlights the arsenal of virulence and antibiotic resistance determinants in K. variicola KV093, an effort emphasizing the current pressing need for regular surveillance of K. variicola strains especially in India.