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極端に個体数密度が低く、自己受精が可能な機能性ヤドカリ種(Bivalvia: Pectinidae)の遺伝的多様性を評価する。ヌル対立遺伝子の効果 | 日本語AI翻訳でPubMed論文検索 | WHITE CROSS 歯科医師向け情報サイト

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Ecol Evol.2020 May;10(9):3919-3931. ECE36080. doi: 10.1002/ece3.6080.Epub 2020-04-02.

極端に個体数密度が低く、自己受精が可能な機能性ヤドカリ種(Bivalvia: Pectinidae)の遺伝的多様性を評価する。ヌル対立遺伝子の効果

Assessing the genetic diversity in (Bivalvia: Pectinidae), a functional hermaphrodite species with extremely low population density and self-fertilization: Effect of null alleles.

  • Judith Barros
  • Federico M Winkler
  • Luz Adriana Velasco
PMID: 32489620 PMCID: PMC7244797. DOI: 10.1002/ece3.6080.

抄録

は、自己受精を示す機能性雌雄同体種であり、その自然個体群密度は通常非常に低い。本研究では、コロンビアのサンタマルタ州ネグアンジェ湾に生息する野生個体群の遺伝的多様性をマイクロサテライトマーカーを用いて推定し、ヌル対立遺伝子の存在がこの推定に及ぼす影響を評価した。本種で初めて記載された8種類のマイクロサテライトマーカーを開発し、その増幅条件を標準化した。これらを用いて、ナグアンジェ湾に生息する48の野生個体と、38の有向交配の子孫に由来する1,010個体の遺伝子型を決定した。各遺伝子座について、ヌル対立遺伝子を含む同定された対立遺伝子の頻度を統計パッケージを用いて推定し、分離分析を用いて親の遺伝子型を確認した。検出された対立遺伝子の頻度は0.001~0.632の範囲で、1つの遺伝子座につき3~8個の対立遺伝子が検出された。ヌル対立遺伝子の頻度は0.10~0.45、0.0~0.79、0.53~0.80であった。全ての遺伝子座はH-W不平衡であった。ヌル対立遺伝子頻度の値は高く、分離分析を用いた推定値は.NETを用いた推定値よりも低かった。今回の結果は、個体群の遺伝的多様性が高いことを示しており、ヌル対立遺伝子がすべての遺伝子座位においてH-W平衡からの逸脱の唯一の原因ではないことを示しており、研究対象の野生個体群は近親交配とWahlund効果の兆候を示していることを示唆している。

is a functional hermaphroditic pectinid species that exhibits self-fertilization, whose natural populations have usually very low densities. In the present study, the genetic diversity of a wild population from Neguanje Bay, Santa Marta (Colombia), was estimated using microsatellite markers, and the effect of the presence of null alleles on this estimation was assessed. A total of 8 microsatellite markers were developed, the first described for this species, and their amplification conditions were standardized. They were used to determine the genotype of 48 wild individuals from Naguanje Bay, and 1,010 individuals derived from the offspring of 38 directed crosses. For each locus, the frequencies of the identified alleles, including null alleles, were estimated using the statistical package , and the parental genotypes were confirmed using segregation analysis. Three to 8 alleles per locus with frequencies from 0.001 to 0.632 were detected. The frequencies of null alleles ranged from 0.10 to 0.45, with from 0.0 to 0.79, and from 0.53 to 0.80. All loci were in H-W disequilibrium. The null allele frequencies values were high, with lower estimations using segregation analysis than estimated using . The present results show high levels of population genetic diversity and indicate that null alleles were not the only cause of deviation from H-W equilibrium in all loci, suggesting that the wild population under study presents signs of inbreeding and Wahlund effect.

© 2020 The Authors. Ecology and Evolution published by John Wiley & Sons Ltd.