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ゲノム解析およびin vitro解析を用いて発酵野菜から分離された潜在的なプロバイオティクス細菌Lactococcus raffinolactis WiKim0068の特性評価
Characterization of a potential probiotic bacterium Lactococcus raffinolactis WiKim0068 isolated from fermented vegetable using genomic and in vitro analyses.
PMID: 32460704 PMCID: PMC7251713. DOI: 10.1186/s12866-020-01820-9.
抄録
背景:
乳酸菌に属するラクトコッカス属菌は、発酵乳製品の製造におけるスターター菌として広く利用されている。韓国の発酵野菜キムチからLactococcus raffinolactis WiKim0068を分離し、そのゲノムを解析した。
BACKGROUND: Lactococcus members belonging to lactic acid bacteria are widely used as starter bacteria in the production of fermented dairy products. From kimchi, a Korean food made of fermented vegetables, Lactococcus raffinolactis WiKim0068 was isolated and its genome was analyzed.
結果:
WiKim0068株の全ゲノムは，1本の染色体と2本のプラスミドからなり，2,292,235bp，G+C含有率は39.7mol%であった．ラクトコッカス属のゲノム配列のうちorthoANI値を解析したところ、WiKim0068株は他の種や亜種と67％以上の配列類似性を有していた。また、WiKim0068株は抗生物質耐性を示さず、ニコチン酸やニコチンアミド（ビタミンB3）を代謝することができました。
RESULTS: The complete genome of the strain WiKim0068 consists of one chromosome and two plasmids that comprises 2,292,235 bp, with a G + C content of 39.7 mol%. Analysis of orthoANI values among Lactococcus genome sequences showed that the strain WiKim0068 has > 67% sequence similarity to other species and subspecies. In addition, it displayed no antibiotic resistance and can metabolize nicotinate and nicotinamide (vitamin B3).
結論:
これらの結果は、ラクトコッカス属の我々の理解を補強し、この新しい株は、潜在的な産業アプリケーションを持っていることを示唆している。
CONCLUSION: These results augments our understanding of the genus Lactococcus and suggest that this new strain has potential industrial applications.