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カーボベルデにおける2015-2016年のジカウイルスアウトブレイクのゲノム疫学
Genomic Epidemiology of 2015-2016 Zika Virus Outbreak in Cape Verde.
PMID: 32441631 PMCID: PMC7258482. DOI: 10.3201/eid2606.190928.
抄録
2015年から2016年にかけて、西アフリカ沿岸の島国であるカーボベルデでは、ジカウイルス（ZIKV）のアウトブレイクが発生し、7,580人のジカ疑い患者と18人の小頭症患者が発生した。発生時に分離された3株のZIKVの完全ゲノムを解析した結果、この株はアジア系（アフリカ系ではない）であることが判明しました。カーボベルデのZIKVの配列は明確なモノフォリオグループを形成しており、エンベロープタンパク質に1～2個（T659A、I756V）のユニークなアミノ酸変化を有していた。系統地理学的および血清学的証拠は、この系統が2014年6月から2015年8月の間に、おそらくブラジル北東部からカーボベルデに早期に導入されたことを裏付けており、2015年10月に症例の最初の波が検出される前に、ウイルスの暗号的な循環が行われていたことを示唆している。これらの知見は、ゲノムスケールの疫学がアウトブレイク調査に有用であることを強調している。
During 2015-2016, Cape Verde, an island nation off the coast of West Africa, experienced a Zika virus (ZIKV) outbreak involving 7,580 suspected Zika cases and 18 microcephaly cases. Analysis of the complete genomes of 3 ZIKV isolates from the outbreak indicated the strain was of the Asian (not African) lineage. The Cape Verde ZIKV sequences formed a distinct monophylogenetic group and possessed 1-2 (T659A, I756V) unique amino acid changes in the envelope protein. Phylogeographic and serologic evidence support earlier introduction of this lineage into Cape Verde, possibly from northeast Brazil, between June 2014 and August 2015, suggesting cryptic circulation of the virus before the initial wave of cases were detected in October 2015. These findings underscore the utility of genomic-scale epidemiology for outbreak investigations.