ミトコンドリアCOI遺伝子配列に基づく中国南東部沿岸地域産マダラガニ（Scylla paramamosain）の個体群遺伝的多様性

Population genetic diversity of mud crab (Scylla paramamosain) from southeast coastal regions of China based on mitochondrial COI gene sequence.

• Wei Wang
• Chunyan Ma
• Wei Chen
• Zhongwen Jin
• Ming Zhao
• Fengying Zhang
• Zhiqiang Liu
• Lingbo Ma

抄録

マッドクラブ（Scylla paramamosain）は東アジアの在来種であり、経済的にも重要な種である。本種の資源保護と管理のための包括的な遺伝的背景を提供するために、ミトコンドリアのCOI遺伝子配列に基づいて、マダラカニの遺伝的多様性と個体群構造を解析した。その結果、中国南東部沿岸の5つの省から野生の18個体と培養された2個体を含む20の個体群から合計599個体が採取された。COI遺伝子の638bp断片の塩基配列を解析したところ、84の可変部位が見つかり、挿入・欠失は検出されなかった。その結果、H2（ハプロタイプ2）は301個体（全個体の50.3％）が共有する優性のハプロタイプであり、すべての地域に存在していた。また、ユニークなハプロタイプの割合が高かった（93人中53人）。全個体群の平均ヌクレオチド多様性（π）は0.00194で、0.00010（NHF1）から0.00305（SHCM）までの範囲であった。ハプロタイプ多様性(h)は0.067(NHF1)から0.876(CM)までの範囲であり、平均は0.738であった。NHF1を除くすべての集団で高いh（>0.5）を示した。遺伝的距離は、集団間では0.00063から0.00337まで、集団内では0.00010から0.00374までの範囲であった。分子分散分析（AMOVA）の結果、全遺伝的変異は主に集団内で発生し（99.68％）、集団間では0.32％しか寄与していなかった。また，野生個体群間では，BAとSHCMの間を除いて有意な遺伝的差異は認められず（Fst=0.0.05707，P<0.05），局地間での遺伝的差異が少ないことが示唆された。また、HNF1とNHF1の2つの子孫集団では遺伝的変異が有意に異なっており、親の数が多いと遺伝的多様性が向上する可能性があることが示唆された。

Mud crab (Scylla paramamosain) is a native and economically important species in East Asia. In order to provide a comprehensive genetic background for the resource protection and management in this species, the genetic diversity and population structure of S. paramamosain were analyzed based on mitochondrial cytochrome oxidase subunit I (COI) gene sequence. Totally, 599 individuals were sampled from 20 populations, including 18 wild and two cultured populations from five provinces along southeastern coast of China. After the sequencing of a 638 bp fragment of COI gene, 84 variable sites were found and no insertion or deletion was detected. The H2 (haplotype 2) was the dominant hapolotye shared by 301 individuals (50.3% of all individuals) and existed in all localities. In addition, a high percent of unique haplotypes (53 of 93 haplotyoes) was found. The average nucleotide diversity (π) of all populations was 0.00194, ranging from 0.00010 (NHF1) to 0.00305 (SHCM). The haplotype diversity (h) ranged from 0.067 (NHF1) to 0.876 (CM) with an average 0.738. All of the populations showed high h (>0.5) except NHF1. Genetic distance ranged from 0.00063 to 0.00337 between populations and from 0.00010 to 0.00374 within populations. The molecular variance analysis (AMOVA) showed that the total genetic variation mainly occurred within populations (99.68%) and only 0.32% was contributed by among populations variation. No significant genetic differentiation was observed among all wild populations except that between BA and SHCM (Fst = 0.0.05707, P < 0.05), indicating a low level of genetic differentiation among localities. It is worth to note that two progeny population (HNF1 and NHF1) showed significantly different genetic variation, which suggested that a large quantity of parents could help to improve the genetic diversity of progeny populations.

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