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脱脂性小丸細胞腫瘍における再発性二次的ゲノム改変
Recurrent secondary genomic alterations in desmoplastic small round cell tumors.
PMID: 32393201 PMCID: PMC7216377. DOI: 10.1186/s12881-020-01034-w.
抄録
背景:
剥離性小丸細胞腫瘍（DSRCT）は、希少で侵攻性の高い転座関連軟部組織肉腫であり、主に小児、青年、および若年成人が罹患し、顕著な男性優位性を示します。この腫瘍の特徴は、t(11;22)が新規EWSR1-WT1融合遺伝子を産生することです。二次的なゲノム変化はほとんど報告されていません。
BACKGROUND: Desmoplastic small round cell tumor (DSRCT) is a rare, highly aggressive, translocation-associated soft-tissue sarcoma that primarily affects children, adolescents, and young adults, with a striking male predominance. It is characterized by t(11;22) generating a novel EWSR1-WT1 fusion gene. Secondary genomic alterations are rarely described.
方法:
83人のDSRCT患者の腫瘍組織を、ハイブリッドキャプチャーをベースとした包括的ゲノムプロファイリング、406遺伝子のFoundationOne® Heme次世代シークエンシング解析、265遺伝子のRNAシークエンシングによりアッセイした。腫瘍突然変異負荷は、最低1.4MbのシークエンシングDNAから計算した。マイクロサテライトの不安定性の状態は、114の特定の遺伝子座を解析した新しいアルゴリズムによって決定された。
METHODS: Tumor tissue from 83 DSRCT patients was assayed by hybrid-capture based comprehensive genomic profiling, FoundationOne® Heme next generation sequencing analysis of 406 genes and RNA sequencing of 265 genes. Tumor mutation burden was calculated from a minimum of 1.4 Mb sequenced DNA. Microsatellite instability status was determined by a novel algorithm analyzing 114 specific loci.
結果:
包括的なゲノムプロファイリングにより、ゲノム的に定義されたいくつかのDSRCTサブグループが同定された。再発性のゲノム変化は、FGFR4、ARID1A、TP53、MSH3、MLL3遺伝子で最も頻繁に検出された。ゲノム変化が活性化を予測したFGFR4を除いて、残りの遺伝子のほとんどの変化は遺伝子の不活性化を予測していた。DSRCTがTMBまたはMSI高値を示したものはなかった。
RESULTS: Comprehensive genomic profiling identified several genomically-defined DSRCT subgroups. Recurrent genomic alterations were most frequently detected in FGFR4, ARID1A, TP53, MSH3, and MLL3 genes. With the exception of FGFR4, where the genomic alterations predicted activation, most of the alterations in the remaining genes predicted gene inactivation. No DSRCT were TMB or MSI high.
結論:
要約すると、FGFR4、ARID1A、TP53、MSH3、MLL3の再発性二次体細胞変化がDSRCTの82％で検出されたが、これは以前に報告されたものよりも有意に多かった。これらの変化は予後と治療の両方の意味合いを持つ可能性がある。
CONCLUSIONS: In summary, recurrent secondary somatic alterations in FGFR4, ARID1A, TP53, MSH3, and MLL3 were detected in 82% of DSRCT, which is significantly greater than previously reported. These alterations may have both prognostic and therapeutic implications.