沿岸堆積物から単離されたsp

sp. nov., isolated from coastal sediment.

• Yan-Lin Zhong
• Xun-Ke Sun
• Jian-Gang Hui
• Hui-Ling Teng
• Zong-Jun Du

抄録

グラム染色陰性の棒状切片状嫌気性細菌3539株を中国威海の沿岸堆積物から分離した。本菌は、28℃、pH7.5～8.0、3.0"Zs_200A"% (w/v) NaClの存在下で最適に増殖した。16S rRNA遺伝子配列をもとに系統解析を行った結果、3539株は同属のメンバーと強固なクラッドを形成しており、JCM 16154、F2、sw153とはそれぞれ97.7、96.2、95.4"Zs_200A"%の配列類似度で近縁であることが明らかになった。3539株とJCM 16154の平均アミノ酸同一性、保存タンパク質の割合、平均ヌクレオチド同一性、デジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション値は、それぞれ64.9、68.3、72.8、18.9"Zs_200A"%であった。3539株のゲノムDNA G+C含有量は42.0mol%であった。呼吸器キノンはユビキノン-8が支配的であり、主要脂肪酸はiso-Cとsummed feature 3(Cω7/Cω6)であった。3539株の極性脂質は、ホスファチジルジメチルエタノールアミン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルコリン、未同定アミノリン脂質1個、未同定脂質1個、未同定リン脂質3個から構成されていた。系統学的，表現型学的および化学的分類学的データの組み合わせから，3539株は同属の新種であると考えられ，sp.新種の型株は3539株（=KCTC 72414=MCCC 1H00388）である。

A Gram-stain-negative, rod-shaped, facultative anaerobic bacterium, designated strain 3539, was isolated from coastal sediment of Weihai, PR China. Optimal growth occurred at 28 °C, pH 7.5-8.0 and in the presence of 3.0 % (w/v) NaCl. Results of phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences revealed that strain 3539 formed a robust clade with members of the genus and was closely related to JCM 16154, F2 and sw153 with 97.7, 96.2 and 95.4 % sequence similarity, respectively. The average amino acid identity, percentage of conserved proteins, average nucleotide identity and digital DNA-DNA hybridization values between strain 3539 and JCM 16154 were 64.9, 68.3, 72.8 and 18.9 %, respectively. The genomic DNA G+C content of strain 3539 was 42.0 mol%. The dominant respiratory quinone was ubiquinone-8, and the major fatty acids were iso-C and summed feature 3 (Cω7/Cω6). The polar lipids of strain 3539 consisted of phosphatidyldimethylethanolamine, phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol, phosphatidylcholine, one unidentified aminophospholipid, one unidentified lipid and three unidentified phospholipids. Based on the combination of phylogenetic, phenotypic and chemotaxonomic data, strain 3539 is considered to represent a novel species within the genus in he family , for which the name sp. nov. is proposed. The type strain of the new species is 3539 (=KCTC 72414=MCCC 1H00388).