gen. nov.は、洞窟土壌から単離された新メンバーである

gen. nov., sp. nov., a new member of the family isolated from a cave soil.

• Soon Dong Lee
• In Seop Kim
• Peter Schumann
• Gwanpil Song

抄録

韓国・済州島の天然洞窟の土壌からグラム染色陽性の新規放線菌C5-26を分離し，その分類学的位置を多相的に調べた。本菌は好気性であり，細胞は単数，二人組，三人組，四人組，短鎖状または不規則な集団で発生する非胞子性，非繁殖性の菌体であった。細胞のコロニーは円形で、凸状で、全体が白色であった。ペプチドグリカン型はA4αで、l-Ser-d-Aspのペプチド間架橋型であった。全細胞糖はグルコース、ラムノース、マンノース、アラビノース、ガラクトース、リボースであった。主要なメナキノンはMK-8(H)であった。極性脂質は、ジホスファチジルグリセロール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルイノシトール、未同定リン脂質を含んでいた。主要な脂肪酸はiso-Cとiso-Chであった。ゲノムDNAのG+C含量は67.1mol%であった。16S rRNA遺伝子の塩基配列に基づく系統解析の結果、本菌は本属に属し、本属の放射線基底に明確なサブクラスターを形成していることが明らかになった。この新規分離株は、(96.2"Zs_200A"%)、(95.4"Zs_200A"%)、(95.4"Zs_200A"%)、(95.3"Zs_200A"%)の型株と最も高い配列類似性を示した。また、全ゲノムに基づいた系統図から、本菌の新規性は、本科の中では属レベルでの新規性を支持していた。この多相性のデータに基づき，C5-26株（=KCTC 39632=DSM 108676）は新属の新種であり，gen. nov.

A novel Gram-stain-positive, actinobacterial strain, designated C5-26, was isolated from soil from a natural cave in Jeju, Republic of Korea, and its taxonomic position was investigated using a polyphasic approach. The organism was aerobic, and cells were non-spore-forming, non-motile cocci that occurred singly, in pairs, in triplets, in tetrads, in short chains or in irregular clusters. Colonies of the cells were circular, convex, entire and white. The peptidoglycan type was A4α with an l-Ser-d-Asp interpeptide bridge. The whole-cell sugars comprised glucose, rhamnose, mannose, arabinose, galactose and ribose. The major menaquinone was MK-8(H). The polar lipids contained diphosphatidylglycerol, phosphatidylglycerol, phosphatidylinositol and an unidentified phospholipid. The major fatty acids were iso-C and iso-C h. The size of the draft genome was 5.32 Mbp with depth of coverage of 161×. The G+C content of the genomic DNA was 67.1 mol%. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences showed that the novel isolate belonged to the family and formed a distinct subcluster at the base of the radiation of the genus . Highest sequence similarities of the novel isolate were found to the type strains of (96.2 %), (95.4 %), (95.4 %) and (95.3 %). The whole genome-based phylogeny supported the novelty of the isolate at the genus level in the family . On the basis of data from this polyphasic study, strain C5-26 (=KCTC 39632=DSM 108676) represents a novel species of a new genus in the family , for which the name gen. nov., sp. nov. is proposed.