サウジアラビアの急性白血病患者の小児における癌関連遺伝子における病原性/潜在的病原性生殖細胞変異体の頻度

Frequency of pathogenic/likely pathogenic germline variants in cancer-related genes among children with acute leukemia in Saudi Arabia.

• Abdulrahman Alsultan
• Mohammed Essa
• Abdullah Aljefri
• Mouhab Ayas
• Musa Alharbi
• Nawaf Alkhayat
• Faisal Al-Anzi
• Fawwaz Yassin
• Fawaz Alkasim
• Qasim Alharbi
• Shaker Abdullah
• Wasil Jastaniah

抄録

背景:

高度に血縁関係のある集団の小児がん患者におけるがん関連遺伝子における病原性／潜在的病原性（P/LP）生殖細胞突然変異の頻度は、あまり研究されていない。

BACKGROUND: The frequency of pathogenic/likely pathogenic (P/LP) germline mutations in cancer-related genes among children with cancer in highly consanguineous populations is not well studied.

方法:

急性白血病の小児 60 例を対象に、生殖細胞 DNA の全ゲノムシークエンシングを実施した。St. Jude Pediatric Cancer Variant Pathogenicity Information Exchange（PeCanPIE）データポータルを用いて、St. Jude Medal Ceremony pipelineによる生殖細胞変異体の分類を行った。

METHODS: Whole-exome sequencing of germline DNA was performed in 60 children with acute leukemia. We used the St. Jude Pediatric Cancer Variant Pathogenicity Information Exchange (PeCanPIE) data portal for the classification of germline variants by the St. Jude Medal Ceremony pipeline.

結果:

57人の患者は急性リンパ芽球性白血病（ALL）、3人の患者は急性骨髄性白血病であった。27人（45％）の患者に親との血縁関係があった。すべての患者はアラブ系であった。3人の患者（5％）に兄弟にがんの既往歴があった。5人の患者（8.3％）ががん関連遺伝子のP/LP生殖細胞変異を有していた。B-ALL患者3人はTP53、BRCA1、BRCA2のヘテロ接合性病原性突然変異を有していた；B-ALL患者1人はPMS2のホモ接合性病原性突然変異を有していた；T-ALL患者1人はAK2のLPホモ接合性突然変異を有していたが、これは網状体形成不全と関連していた。親との血縁関係のある患者では、3人（11％）がP/LPの生殖細胞変異を有していたのに対し、親との血縁関係のない患者では2人（8％）であった。14人（23％）の患者ががん関連遺伝子にゴールドメダル変異を有しており、13人がヘテロ接合体、1人がホモ接合体であった。シルバーメダルバリアントは35人（58％）の患者に存在した；1人のホモ接合体を除いてすべてヘテロ接合体であった。

RESULTS: Fifty-seven patients had acute lymphoblastic leukemia (ALL) and three patients had acute myeloid leukemia. Parental consanguinity was present in 27 (45%) patients. All patients were of Arab ancestry. Three patients (5%) had a history of cancer in their siblings. Five patients (8.3%) had P/LP germline mutations in cancer-related genes. Three patients with B-ALL had heterozygous pathogenic mutations in TP53, BRCA1, and BRCA2; one patient with B-ALL had homozygous pathogenic mutation in PMS2; and one patient with T-ALL had LP homozygous mutation in AK2 that was associated with reticular dysgenesis. Among patients who had history of parental consanguinity, three (11%) had P/LP germline mutations compared with two (8%) in the absence of parental consanguinity. Fourteen (23%) patients had gold medal variants in cancer-related genes, 13 were heterozygous, and one was homozygous. Silver medal variants were present in 35 (58%) patients; all were heterozygous except one homozygous.

結論:

サウジアラビアの小児急性白血病患者は、近親者の割合が高いにもかかわらず、がん関連遺伝子のP/LP変異の頻度が低かった。小児白血病の遺伝性をさらに調べるためには、全ゲノムシークエンシングを用いた大規模な研究が必要である。

CONCLUSIONS: Children with acute leukemia in Saudi Arabia had low frequency of P/LP mutations in cancer-related genes despite the high rate of consanguinity. Larger studies using whole-genome sequencing are needed to further explore the heritability of childhood leukemia.

© 2020 Wiley Periodicals, Inc.