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この研究では、分子動力学とドッキングシミュレーションを組み合わせて、hTRPM8チャネル上で最適化されたバーチャルスクリーニングキャンペーンを実行するためのターゲットとなるプロトコルを開発した
Combining Molecular Dynamics and Docking Simulations to Develop Targeted Protocols for Performing Optimized Virtual Screening Campaigns on The hTRPM8 Channel.
PMID: 32218173 PMCID: PMC7177470. DOI: 10.3390/ijms21072265.
抄録
背景:
この研究では、信頼性の高いhTRPM8ホモロジーモデルの生成を行い、その信頼性は1.0 μsのMDシミュレーションによって評価された。0 μsのMDシミュレーションは、構造に基づいたバーチャルスクリーニング（VS）キャンペーンのための複数の受容体コンフォメーションを生成するためにも使用されました; ドッキングシミュレーションは、異なるプログラムを使用して、選択されたフレームのすべてのモノマーを含みます。得られたモデルは非常に満足のいく性能を示しました。LiGen™はテストされたドッキングプログラムの中で最高の結果を提供しました。また、4つのモノマーのドッキング結果を組み合わせることで、計算されたコンセンサスモデルに顕著な有益な効果が得られました。
BACKGROUND: There is an increasing interest in TRPM8 ligands of medicinal interest, the rational design of which can be nowadays supported by structure-based in silico studies based on the recently resolved TRPM8 structures. : The study involves the generation of a reliable hTRPM8 homology model, the reliability of which was assessed by a 1.0 μs MD simulation which was also used to generate multiple receptor conformations for the following structure-based virtual screening (VS) campaigns; docking simulations utilized different programs and involved all monomers of the selected frames; the so computed docking scores were combined by consensus approaches based on the EFO algorithm. : The obtained models revealed very satisfactory performances; LiGen™ provided the best results among the tested docking programs; the combination of docking results from the four monomers elicited a markedly beneficial effect on the computed consensus models. : The generated hTRPM8 model appears to be amenable for successful structure-based VS studies; cross-talk modulating effects between interacting monomers on the binding sites can be accounted for by combining docking simulations as performed on all the monomers; this strategy can have general applicability for docking simulations involving quaternary protein structures with multiple identical binding pockets.