コロンビアの異なる生物地理学的地域に生息する腸内原虫の分子検出と遺伝子型解析

Molecular detection and genotyping of intestinal protozoa from different biogeographical regions of Colombia.

• Adriana Higuera
• Ximena Villamizar
• Giovanny Herrera
• Julio Cesar Giraldo
• Luis Reinel Vasquez-A
• Plutarco Urbano
• Oswaldo Villalobos
• Catalina Tovar
• Juan David Ramírez

抄録

背景:

腸管寄生原虫は、特に発展途上国における公衆衛生上の深刻な問題である。などの原虫は下痢症状と関連している。コロンビアでは、これらの微生物の頻度や循環遺伝子型・種に関する地域別のデータはほとんどない。そこで，本研究の主な目的は，コロンビアの異なる地理的地域から採取したサンプルを用いて，これらの微生物の分子検出と遺伝子型を決定することであった．

Background: Intestinal parasitic protozoa represent a serious problem of public health particularly in developing countries. Protozoa such as , and spp. are associated with diarrheal symptoms. In Colombia, there is little region-specific data on the frequency and circulating genotypes/species of these microorganisms. Therefore, the main objective of our study was to employ molecular detection and genotyping of and , and spp. in samples from different biogeographical regions of Colombia.

方法:

コロンビアの5つの生物地理学的地域（アマゾン、アンデス、カリブ海、オリノコ、太平洋地域）から649のヒト糞便サンプルを採取した．サブタイプ（STs）（18s）、集合体（トリオースリン酸イソメラーゼおよびグルタミン酸脱水素酵素）および種（18s）を同定するために、分子ジェノタイピングを行った。遺伝的多様性指標は dnasp.5 を用いて決定した。

Methods: We collected 649 human fecal samples from five biogeographical regions of Colombia: the Amazon, Andean, Caribbean, Orinoco and Pacific regions. spp. and complex were detected by microscopy and conventional PCR. Molecular genotyping was conducted to identify subtypes (STs) (18s), assemblages (triose phosphate isomerase and glutamate dehydrogenase) and species (18s). Genetic diversity indices were determined using dnasp.5.

研究成果:

サンプルの45.4％（＝280）、サンプルの54.5％（＝336）、サンプルの7.3％（＝45）、サンプルの1.5％（＝9）、サンプルの0.32％（＝2）からSpp.を検出した。 STs 1-4、8および9、および集合体AII、BIII、BIV、DおよびGが同定された。以下の種が確認された。貝類は以下の種が確認された： , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , .カリブ海地域では、評価された各微生物の頻度が最も高かった（91.9％、97.3％、10.8％、13.5％、2.7％）。オリノコ地域では（97.2％）、アンデス地域では（69.4％）の頻度が高かった。腸管寄生虫症の予防・防除の仕組みを改善する必要があることが示唆された。

Results: We detected in 45.4% ( = 280) of samples, in 54.5% ( = 336) of samples, spp. in 7.3% ( = 45) of samples, in 1.5% ( = 9) of samples, and in 0.32% ( = 2) of samples. STs 1-4, 8 and 9 and assemblages AII, BIII, BIV, D and G were identified. The following species were identified: , , , , , and . The Caribbean region had the highest frequency for each of the microorganisms evaluated (91.9% for , 97.3% for , 10.8% for spp., 13.5% for and 2.7% for ). The Orinoco region had a high frequency of (97.2%) and the Andean region had a high frequency of (69.4%). High and active transmission was apparent in several regions of the country, implying that mechanisms for prevention and control of intestinal parasitosis in different parts of the country must be improved.

© 2020 Higuera et al.