Ottem.2009年をsp.nov

Reclassification of subsp. Ottem . 2009 as sp. nov., subsp. subsp. nov. and emended description of .

• Jose Gustavo Ramirez-Paredes
• Pär Larsson
• Kim D Thompson
• David J Penman
• Hans-Jürgen Busse
• Caroline Öhrman
• Andreas Sjödin
• Esteban Soto
• Randolph H Richards
• Alexandra Adams
• Duncan J Colquhoun

抄録

は、世界中の海洋と淡水の養殖魚や野生魚の両方に影響を与える深刻な病気である'piscine francisellosis'を引き起こすfastidious facultative細胞内細菌性病原体です。現在，2つの亜種が認められている．本研究では、デジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション、全ゲノム平均ヌクレオチド同一性（wg-ANIm）、全ゲノム系統解析、全ゲノムG+C含有量、代謝フィンガープリント、ケモタキソノミクス解析などの全ゲノム由来のパラメータを含む多相的なアプローチを用いて、本菌の分類を再検討した。その結果、亜種に属する分離株は表現型的にも遺伝的にも均質な分類群であり、別種としての要件を満たす亜種とは明確に区別されることが示された。したがって，本研究では，Ehime-1（DSM 21254=LMG 24544）のままで，亜sp.をsp.nov.として種のランクに昇格させることを提案する。さらに、チリの養殖アトランティックサーモンから回収された亜種と北欧の野生および養殖アトランティックマダラから分離された亜種との間には、十分な表現型および遺伝的差異が認められたことから、チリ産を新規亜種、すなわち、PQ1106株（CECT 9798=NCTC14375）を原型株とする亜種として提案することができた。最後に、さらなる代謝情報と非定型株の記述を加えることで、その記述を修正した。

is a fastidious facultative intracellular bacterial pathogen that causes 'piscine francisellosis', a serious disease affecting both marine and fresh water farmed and wild fish worldwide. Currently two subspecies are recognized, i.e. subsp. and subsp. . In the present study, the taxonomy of was revisited using a polyphasic approach, including whole genome derived parameters such as digital DNA-DNA hybridization, whole genome average nucleotide identity (wg-ANIm), whole genome phylogenetic analysis, whole genome G+C content, metabolic fingerprinting and chemotaxonomic analyses. The results indicated that isolates belonging to subsp. represent a phenotypically and genetically homogenous taxon, clearly distinguishable from subsp. that fulfils requirements for separate species status. We propose, therefore, elevation of subsp. to the species rank as sp. nov. with the type strain remaining as Ehime-1 (DSM 21254=LMG 24544). Furthermore, we identified sufficient phenotypic and genetic differences between subsp. recovered from diseased farmed Atlantic salmon in Chile and those isolated from wild and farmed Atlantic cod in Northern Europe to warrant proposal of the Chilean as a novel subspecies, i.e. subsp. subsp. nov. with strain PQ1106 (CECT 9798=NCTC14375) as the type strain. Finally, we emend the description of by including further metabolic information and the description of atypical strains.