単純塩基配列繰り返しマーカーに基づくニンジン（）の「金時にんじん」とその他のグループの分類

Classification of "Kintoki ninjin" and other groups of carrot () based on simple sequence repeat markers.

• Nakao Kubo
• Risa Yamashita
• Michiyo Tani
• Koji Ozaki
• Toshiro Fujiwara
• Yutaka Mimura

抄録

ニンジン()は、温帯地域でタップルートを目的として栽培されています。東部型と西部型が区別されている。日本では、前者は金時、滝野川大納言、東総に分類され、一部の地方品種もある。しかし、報告が少ないため、それらの遺伝的関係は不明である。本研究では，単純塩基配列繰り返し（SSR）マーカーを用いて，日本の東部型と西部型を分類した。また，根の重さ，長さ，直径，皮色などの圃場形質についても調査した。圃場試験の結果，金時と洋型の間には明らかな違いが認められ，両者の分化が確認された。9つのSSRをもとに系統図を作成し、24品種をI群とII群に分類した。I群は、インドの品種（「Pusa rudhira red」）を除いたすべての東部型ニンジン（金時、東ソー群、地方品種2種、外国品種2種）を対象とした。その中で、金時を含む赤ニンジンは2つのサブグループに分類された。西洋型、東西交雑種、「Pusa rudhira red」はII群に含まれていた。集団構造解析の結果、東部型とその他の型に分かれていることが明らかになった。本研究は、東部型の遺伝的特徴を明らかにしたものであり、特に東部型を原種とする場合には、ニンジンの品種改良のための貴重な情報となるであろう。

Carrot () is cultivated in temperate regions for its taproot. Eastern and Western types have been differentiated. In Japan, the former type is categorized into Kintoki, Takinogawa oonaga, and Toso, with a few local cultivars. However, their genetic relationships are unclear because of the paucity of reports. We classified the Japanese Eastern and selected Western types based on simple sequence repeat (SSR) markers. Field traits, including root weight, length, diameter, and skin color, were also examined. Our field tests showed clear differences between the Kintoki and Western-type cultivars, confirming their differentiation. A phylogram based on nine SSRs classified 24 cultivars into groups I and II. Group I included all Eastern-type carrots examined (Kintoki and Toso groups, plus two local and two foreign cultivars), with the exception of an Indian cultivar ('Pusa rudhira red'). Among them, red carrots including Kintoki were clustered into two subgroups. Western-type, Eastern-Western hybrid, and 'Pusa rudhira red' were included in group II. A population structure analysis revealed the split between the Eastern and the other types. This study elucidates the genetic characteristics of the Eastern type of carrot, which will be valuable information for carrot breeding, especially when using the Eastern type as a source.

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