Aphis glycines virus 1は、2つの機能的な内部リボソームエントリーサイトを持つ新しいビシストロン型ウイルスであるが、この種の未分類ウイルスのグループに関連している

Aphis glycines virus 1, a new bicistronic virus with two functional internal ribosome entry sites, is related to a group of unclassified viruses in the .

• Tuba Yasmin
• Thanuja Thekke-Veetil
• Houston A Hobbs
• Berlin D Nelson
• Nancy K McCoppin
• Doris Lagos-Kutz
• Glen L Hartman
• Kris N Lambert
• David R Walker
• Leslie L Domier

抄録

大豆の全 RNA のハイスループットシークエンシングにより、新規ピコルナ様ウイルス（仮名：Aphis glycines virus 1（ApGlV1））が発見され、吸引トラップで採取したダイズから検出された。ApGlV1 のゲノムには、ジプチウイルスと同様に、構造タンパク質をコードする ORF1 と非構造タンパク質をコードする ORF2 の 2 つの大きな ORF が含まれている。両ORFとも内部リボソームエントリーサイト（IRES）要素が先行している。5' IRESは、遺伝子間領域のIRESよりもデュアルルシフェラーゼ活性アッセイにおいてより活性が高かった。ApGlV1ゲノムは、システインプロテアーゼの代わりにセリンプロテアーゼをコードしていると予測された。 キャピシドタンパク質とRNA依存性RNAポリメラーゼの配列に基づく系統解析では、ApGlV1は節足動物や植物から発見された未分類の二色性ピコルナ様ウイルスのグループに一貫してクラスター化しており、このグループは、新規なウイルスファミリーを示す可能性がある。

A novel picorna-like virus, provisionally named Aphis glycines virus 1 (ApGlV1) was discovered by high-throughput sequencing of soybean total RNAs and detected in suction trap-collected . The ApGlV1 genome contains two large ORFs organized similar to those of dicipiviruses in the where ORFs 1 and 2 encode structural and nonstructural proteins, respectively. Both ORFs are preceded by internal ribosome entry site (IRES) elements. The 5' IRES was more active in dual luciferase activity assays than the IRES in the intergenic region. The ApGlV1 genome was predicted to encode a serine protease instead of a cysteine protease and showed very low aa sequence identities to recognized members of the . In phylogenetic analyses based on capsid protein and RNA-dependent RNA polymerase sequences, ApGlV1 consistently clustered with a group of unclassified bicistronic picorna-like viruses discovered from arthropods and plants that may represent a novel family in the order .