エジプトでC型肝炎ウイルスに感染した患者から得られたヒトペギウイルス変異体の全ゲノム配列解析：症例報告

Whole-genome sequencing of human Pegivirus variant from an Egyptian patient co-infected with hepatitis C virus: a case report.

• Hany K Soliman
• Mohamed Abouelhoda
• Mahmoud N El Rouby
• Ola S Ahmed
• G Esmat
• Zeinab K Hassan
• Mohammed M Hafez
• Dina Ahmed Mehaney
• Manojkumar Selvaraju
• Rania Kamal Darwish
• Yehia A Osman
• Abdel-Rahman N Zekri

抄録

背景:

ヒトペジウイルス（HPgV）はC型肝炎ウイルス（HCV）と構造的に類似しており、20年前に発見されました。しかし、その分布、自然史、ヒト宿主におけるこのウイルス群の正確なルールについては不明な点が多い。我々は、エジプト人患者から発見されたHPgVの全ゲノム配列を深層次世代シークエンシング（NGS）で解析し、同一患者のHCV配列を解析して、HPgVの全ゲノム配列を決定することを目的とした。また、HCVとHPgVの共感染がHCVウイルス治療に対する患者の反応に影響を与えるかどうかを検査した。我々の知る限りでは，HCVと共感染しているエジプト人患者から新たにHPgVが分離された最初の報告である．

BACKGROUND: Human pegivirus (HPgV) is structurally similar to hepatitis C virus (HCV) and was discovered 20 years ago. Its distribution, natural history and exact rule of this viral group in human hosts remain unclear. Our aim was to determine, by deep next-generation sequencing (NGS), the entire genome sequence of HPgV that was discovered in an Egyptian patient while analyzing HCV sequence from the same patient. We also inspected whether the co-infection of HCV and HPgV will affect the patient response to HCV viral treatment. To the best of our knowledge, this is the first report for a newly isolated HPgV in an Egyptian patient who is co-infected with HCV.

ケースプレゼンテーション:

C型肝炎患者の血漿中のHCV配列をディープ次世代シークエンシング（NGS）技術を用いて検出した。その結果、HCVとHPgVの共存が明らかになった。この共感染は、ＨＰｇＶの５'非翻訳領域の従来のＰＣＲを用いて確認された。その後、患者は、直接作用型抗ウイルス治療（DAA）を受けた。処置の終了時に、患者は、ＨＣＶ処置に対して良好な反応を示した（すなわち、血漿中にＨＣＶ-ＲＮＡが検出されなかった）が、ＨＰｇＶ-ＲＮＡは検出されたままであった。配列アライメントおよび系統解析の結果、検出されたHPgVは新規分離株であり、これまでに発表されたことのないものであることが示された。

CASE PRESENTATION: The deep Next Generation Sequencing (NGS) technique was used to detect HCV sequence in hepatitis C patient's plasma. The results revealed the presence of HPgV with HCV. This co-infection was confirmed using conventional PCR of the HPgV 5' untranslated region. The patient was then subjected to direct-acting-antiviral treatment (DAA). At the end of the treatment, the patient showed a good response to the HCV treatment (i.e., no HCV-RNA was detected in the plasma), while the HPgV-RNA was still detected. Sequence alignment and phylogenetic analyses demonstrated that the detected HPgV was a novel isolate and was not previously published.

結論:

C 型肝炎ウイルス感染症の患者における HPgV の新しい変異体を報告する。

CONCLUSION: We report a new variant of HPgV in a patient suffering from hepatitis C viral infection.