液滴ベースのシングルセルRNAseqツール：実用的なガイド

Droplet-based single cell RNAseq tools: a practical guide.

• Robert Salomon
• Dominik Kaczorowski
• Fatima Valdes-Mora
• Robert E Nordon
• Adrian Neild
• Nona Farbehi
• Nenad Bartonicek
• David Gallego-Ortega

抄録

Drop-seq、inDrop、Chromium 10Xなどの液滴ベースのscRNA-seqシステムは、研究室でのハイスループットscRNA-seq技術の普及のきっかけとなってきました。これらのシステムが生物学を深く掘り下げていく能力を理解するために、ここでは典型的なscRNA-seq実験に関わるすべてのステップについて実践的なガイドを提供します。これら3つの主要な液滴ベースのシステム（およびその誘導体）を比較対照することで、高品質で生物学的に関連性の高いデータを得るための重要な考慮事項の概要を説明します。また、これらのシステムの限界や、ゲノムサイトメトリーという新たな分野にどのように適合しているかについても議論します。

Droplet based scRNA-seq systems such as Drop-seq, inDrop and Chromium 10X have been the catalyst for the wide adoption of high-throughput scRNA-seq technologies in the research laboratory. In order to understand the capabilities of these systems to deeply interrogate biology; here we provide a practical guide through all the steps involved in a typical scRNA-seq experiment. Through comparing and contrasting these three main droplet based systems (and their derivatives), we provide an overview of all critical considerations in obtaining high quality and biologically relevant data. We also discuss the limitations of these systems and how they fit into the emerging field of Genomic Cytometry.