酵素を用いたリボソームRNAの遺伝子増幅ライブラリーの作成とシークエンス

Making and Sequencing Heavily Multiplexed, High-Throughput 16S Ribosomal RNA Gene Amplicon Libraries Using a Flexible, Two-Stage PCR Protocol.

• Ankur Naqib
• Silvana Poggi
• Weihua Wang
• Marieta Hyde
• Kevin Kunstman
• Stefan J Green

抄録

ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）で増幅した小サブユニット（16Sまたは18S）リボソームRNA（rRNA）遺伝子断片のディープシークエンシングは、微生物群集の構成と構造を特徴づけるために一般的に使用されています。イルミナシーケンサー上でそのような遺伝子断片を配列決定するためのゲノムＤＮＡの調製は、本明細書に記載されている簡単な２段階ＰＣＲ法で行うことができる。本明細書に記載されたプロトコルは、最大384個のサンプルを同時に配列決定することを可能にし、プライマーの選択に大きな柔軟性を提供する。

Deep sequencing of polymerase chain reaction (PCR)-amplified small subunit (16S or 18S) ribosomal RNA (rRNA) genes fragments is commonly employed to characterize the composition and structure of microbial communities. Preparing genomic DNA for sequencing of such gene fragments on Illumina sequencers can be performed in a straightforward, two-stage PCR method, described herein. The protocol described allows for up to 384 samples to be sequenced simultaneously, and provides great flexibility in choice of primers.