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大量並列シーケンシングデータセットの解析により予測された、認知されていない内臓/神経学的晩期発症ニーマンピック病、C1型の高発生率
High incidence of unrecognized visceral/neurological late-onset Niemann-Pick disease, type C1, predicted by analysis of massively parallel sequencing data sets.
PMID: 25764212 PMCID: PMC4486368. DOI: 10.1038/gim.2015.25.
抄録
目的:
ニーマン・ピック病C型（NPC）は、NPC1またはNPC2のいずれかの変異によって引き起こされる劣性遺伝性の神経変性性リソソーム貯蔵疾患である。診断は困難であり、しばしば遅れる。これらの要因により、診断が不完全であることが多く、また、表現型スペクトルが完全に解明されていない可能性がある。最近の血液ベースの診断検査の開発および潜在的な治療法の開発を考えると、NPCの発生率を理解し、リスクのある患者集団を定義することが重要である。
PURPOSE: Niemann-Pick disease type C (NPC) is a recessive, neurodegenerative, lysosomal storage disease caused by mutations in either NPC1 or NPC2. The diagnosis is difficult and frequently delayed. Ascertainment is likely incomplete because of both these factors and because the full phenotypic spectrum may not have been fully delineated. Given the recent development of a blood-based diagnostic test and the development of potential therapies, understanding the incidence of NPC and defining at-risk patient populations are important.
方法:
4つの大規模で超並列なエクソームシークエンシングデータセットからのデータを評価した。変異配列を同定し、文献レビューとバイオインフォマティクス解析の組み合わせに基づいて病原性または非病原性として分類した。この方法は、対立遺伝子頻度を決定するための偏りのないアプローチを提供した。
METHOD: We evaluated data from four large, massively parallel exome sequencing data sets. Variant sequences were identified and classified as pathogenic or nonpathogenic based on a combination of literature review and bioinformatic analysis. This methodology provided an unbiased approach to determining the allele frequency.
結果:
我々のデータは、NPC1とNPC2の発生率がそれぞれ1/92,104と1/2,858,998であることを示唆している。しかし、一般的なNPC1の亜種を評価すると、1/19,000-1/36,000のオーダーで、発生率が著しく高い晩発型のNPC1表現型が存在する可能性が示唆される。
RESULTS: Our data suggest an incidence rate for NPC1 and NPC2 of 1/92,104 and 1/2,858,998, respectively. Evaluation of common NPC1 variants, however, suggests that there may be a late-onset NPC1 phenotype with a markedly higher incidence, on the order of 1/19,000-1/36,000.
結論:
我々は、古典的NPCの合計発生率を89,229分の1、すなわち10万人の受胎あたり1.12人としたが、NPC1の晩期発症表現型の確認が不完全であることを予測した。この結果は、潜在的な患者のスクリーニングを増やす必要性を強く示唆している。
CONCLUSION: We determined a combined incidence of classical NPC of 1/89,229, or 1.12 affected patients per 100,000 conceptions, but predict incomplete ascertainment of a late-onset phenotype of NPC1. This finding strongly supports the need for increased screening of potential patients.