RYR1関連悪性高熱感受性におけるバリアント分類のための機能的アッセイの較正

Calibrating a functional assay for variant classification in RYR1-related malignant hyperthermia susceptibility.

抄録

目的:

RYR1関連悪性高熱症感受性（MHS）の病原性バリアントを有する個体を同定することにより、MH反応による罹患率および死亡率を減少させることができる。この目標を達成するためには、バリアントの病原性に関する知識が必要であり、バリアントを正確に分類するためには機能アッセイの適切な重み付けが重要である。カフェイン誘発性Ca2+放出アッセイは、ClinGen Variant Curation Expert Panel (VCEP)に従って病原性を支持するために用いることができる。しかし、カフェイン誘発性Ca2+放出アッセイは、既知の病原性および良性のバリアントを用いた正式な検証を欠いている。

PURPOSE: Identifying individuals with pathogenic variants for RYR1-related Malignant Hyperthermia Susceptibility (MHS) could reduce morbidity and mortality due to MH reactions. Realization of this goal requires knowledge of variant pathogenicity, and proper weighting of functional assays is important for accurate variant classification. Caffeine-induced Ca2+ release assays can be used to support pathogenicity per the ClinGen Variant Curation Expert Panel (VCEP). However, the caffeine-induced Ca2+ release assay lacks formal validation with known pathogenic and benign variants.

方法:

15種の良性/良性の可能性が高いRYR1バリアントと6種の病原性/病原性の可能性が高いRYR1バリアントを用いて、マルチモードマイクロプレートリーダーを用いたカフェイン誘発Ca2+放出アッセイの較正を行った。5つの意義不明の変異体（VUS）を再分類するためにアッセイした。

METHODS: Fifteen benign/likely benign and six pathogenic/likely pathogenic RYR1 variants were used to calibrate the caffeine-induced Ca2+ release assay using a multi-mode microplate reader. Five variants of unknown significance (VUS) were assayed for possible reclassification.

結果:

陽性尤度比12.14:1（病原性）、陰性尤度比0.22:1（良性4.5:1）というAmerican College of Medical Genetics and Genomicsの病原性基準スキーマに従った中程度の重みで、カフェイン誘発Ca2+放出アッセイの使用を支持するデータが得られた。この検証されたアッセイを用いると、5つのVUSのうち2つが良性の可能性が高いと再分類された。

RESULTS: Our data support use of the caffeine-induced Ca2+ release assay at a moderate weight per the American College of Medical Genetics and Genomics pathogenicity criteria schema with a positive likelihood ratio of 12.14:1 (pathogenicity) and a negative likelihood ratio of 0.22:1 (4.5:1 benignity). Using this validated assay, two of five VUS were reclassified as likely benign.

結論:

カフェイン誘発Ca2+放出アッセイの正式な検証は、これらのデータに基づいて、VCEPの機能的基準の重み付けを中程度の強さで支持する。VUSから良性または病原性の分類へさらに移行するためには、さらなる変異体のアッセイを行う必要がある。

CONCLUSION: Formal validation of the caffeine-induced Ca2+ release assay supports the VCEP functional criteria weighting at moderate strength based on these data. Additional variants should be assayed to shift more from VUS to benign or pathogenic classifications.