非小細胞肺癌における分子診断法

Molecular Diagnostics in Non-Small Cell Lung Carcinoma.

• Lynette M Sholl

抄録

現在の臨床実践ガイドラインでは、非小細胞肺がん患者のための新たなバイオマーカーとして、必須の分子バイオマーカー、および他の多くの遺伝子変化を認識している。これらの遺伝子の関連する変化を検出するための利用可能なアプローチは多様であり、しばしば補完的である。研究室では、多様な変化を検出することができる遺伝子のパネルを組み込んだアッセイを採用し、「単一遺伝子検査」のアプローチからますます移行している。次世代シークエンシング（NGS）技術の採用がこの移行を後押ししているが、NGSの導入アプローチは診療所によって大きく異なる。シングル遺伝子であれNGSベースのパネルであれ、分子診断アッセイの選択は、コスト、緊急性、臨床と検査の焦点、専門家の考慮事項によって推進される。オペレーターの専門知識、サンプルタイプ、固定剤の選択などの事前分析的要因と、インフォマティクスパイプラインやバリアント報告へのアプローチなどの事後分析的要因は、分子診断結果の質に大きな影響を与えます。肺がんのゲノムプロファイリングには、真の意味での「ワンサイズフィットオール」の検査は存在しない。臨床家や研究者は、ターンアラウンドタイムの要件に対応し、遺伝子融合などの重要だが検出が困難な腫瘍変化の検出を最適化するために、多様なアッセイセットを提供できるように準備しなければならない。

Current clinical practice guidelines recognize and as essential molecular biomarkers, and a host of other genetic alterations as emerging biomarkers for non-small cell lung carcinoma patients. The available approaches to detecting relevant alterations in these genes are diverse and often complementary. Laboratories have increasingly migrated away from a "single-gene test" approach, embracing assays that incorporate panels of genes capable of detecting a diverse set of alterations. The adoption of next generation sequencing (NGS) techniques has driven this shift; however, the approach to incorporation of NGS varies greatly between practices. Choice of molecular diagnostics assay, be it single-gene or NGS-based panel, will be driven by cost, urgency, clinical and laboratory focus, and professional considerations. Preanalytic factors including operator expertise, sample type and choice of fixative, and postanalytic factors including informatics pipeline and approaches to variant reporting have a significant impact on the quality of molecular diagnostics results. There is no real "one-size-fits-all" test for genomic profiling for lung cancer; clinicians and laboratorians must be prepared to offer a diverse set of assays in order to address turnaround time requirements and optimize detection of critical but difficult-to-detect tumor alterations such as gene fusions.

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