低所得国での感染：抗菌薬耐性、ゲノムの多様性、リスク因子

carriage in low-income countries: antimicrobial resistance, genomic diversity and risk factors.

• Bich-Tram Huynh
• Virginie Passet
• Andriniaina Rakotondrasoa
• Thierno Diallo
• Alexandra Kerleguer
• Melanie Hennart
• Agathe De Lauzanne
• Perlinot Herindrainy
• Abdoulaye Seck
• Raymond Bercion
• Laurence Borand
• Maria Pardos de la Gandara
• Elisabeth Delarocque-Astagneau
• Didier Guillemot
• Muriel Vray
• Benoit Garin
• Jean-Marc Collard
• Carla Rodrigues
• Sylvain Brisse

抄録

背景 Klebsiella pneumoniae（以下，Klebsiella pneumoniae）は，高レベルの多剤耐性（MDR）ヒト感染症の原因となる公衆衛生上の大きな脅威であり，また，Klebsiella pneumoniaeは，特にアジア・アフリカ地域で重篤な感染症を引き起こす。また，Kpは，特にアジアやアフリカなどの地域社会で重篤な感染症の原因となっている。Kp感染症の多くは内因性腸管感染によるものであるが、無症候性ヒト感染症におけるKpの有病率や微生物学的特徴、環境曝露を含む危険因子についてはほとんど知られていない。方法 ここでは、マダガスカル、カンボジア、セネガルの各地域の妊婦911名を対象に、Kpによる腸内感染のスクリーニングを行った。Kp株の特徴（抗菌薬感受性、ゲノム多様性、病原性、耐性遺伝子）を定義し、関連する危険因子を検討した。結果 Kpの担持率は55.9％であり，Kpの集団は非常に異質であった（6系統群，325の配列型，Simpson index 99.6％）．Kp分離株の3分の1は抗菌薬耐性遺伝子を獲得していた．MDR-Kp（11.7％～39.7％）および拡張スペクトラムβ-ラクタマーゼ（ESBL）産生Kp（0.7％～14.7％）は国によってばらつきがあった．また，病原性遺伝子を有する分離株が検出された（14.5％）．食物、動物との接触、家庭での入院などの環境曝露因子はKpの感染、抗菌薬耐性、過ウイルス性と関連していた。しかし、危険因子は国特異的であり、Kp亜集団特異的であった。結論 この大規模多施設共同研究は、ヒトの腸内感染におけるKpの巨大な多様性を明らかにし、3つの低所得国のコミュニティで抗菌薬耐性が蔓延していることを示し、Kpのコロニー化が抗菌薬耐性の制御にもたらす課題を強調した。

Background Klebsiella pneumoniae (hereafter, ) is a major public health threat responsible for high levels of multidrug resistant (MDR) human infections. Besides, Kp also causes severe infections in the community, especially in Asia and Africa. Although most Kp infections are caused by endogenous intestinal carriage, little is known about the prevalence and microbiological characteristics of Kp in asymptomatic human carriage, and attached risk factors including environmental sources exposure. Methods Here, 911 pregnant women from communities in Madagascar, Cambodia, and Senegal were screened for gut colonization by Kp. Characteristics of Kp strains (antimicrobial susceptibility, genomic diversity, virulence, and resistance genes) were defined, and associated risk factors were investigated. Results Kp carriage rate was 55.9%, and Kp populations were highly heterogeneous (6 phylogroups, 325 sequence types, Simpson index 99.6%). One third of Kp isolates had acquired antimicrobial resistance genes. MDR-Kp (11.7% to 39.7%) and extended spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Kp (0.7% to 14.7%) varied among countries. Isolates with virulence genes were detected (14.5%). Environmental exposure factors including food, animal contacts, or hospitalization of household members were associated with carriage of Kp, antimicrobial resistance and hypervirulence. However, risk factors were country-specific and Kp subpopulation-specific. Conclusion This large-scale multicenter study uncovers the huge diversity of Kp in human gut carriage, demonstrates that antimicrobial resistance is widespread in communities of three low-income countries, and underlines the challenges posed by Kp colonization to the control of antimicrobial resistance.