ヨーロッパの野鳥とウサギにおける発散性RNAウイルスの発見と有病率

Discovery and Prevalence of Divergent RNA Viruses in European Field Voles and Rabbits.

• Theocharis Tsoleridis
• Joseph G Chappell
• Elodie Monchatre-Leroy
• Gérald Umhang
• Mang Shi
• Malcolm Bennett
• Rachael E Tarlinton
• C Patrick McClure
• Edward C Holmes
• Jonathan K Ball

抄録

偏りのないメタゲノムウイルス発見の出現は、ウイルスの生物多様性と進化の研究に革命をもたらしました。にもかかわらず、哺乳類の種を含むウイルス圏に関する我々の知識は依然として限られている。我々は、偏りのないメタゲノム配列決定法を用いて、ヨーロッパの野ネズミとウサギのRNAウイルスを同定した。その結果、アストロウイルス、ロタウイルスA、ピコルナ様ウイルス、モルビリ様パラミクソウイルスを含む多くの新規RNAウイルスを同定した。さらに、ウサギの食餌に由来すると思われるソベモウイルスや新規なルテウイルスも同定した。これらの新たに発見されたウイルスは、これまでに報告されたウイルスとはしばしば乖離したものであった。新規アストロウイルスは、齧歯類を食べるヨーロッパのローラーバード（）から採取されたウイルスと最も密接に関連していた。PCRスクリーニングの結果、英国の野鳥から採取された新規モルビリ様パラミクソウイルスの有病率は約4％であり、世界中で採取された他の齧歯類モルビリ様ウイルスと共通の祖先を共有していることが明らかになりました。2つの新規ロタウイルスA配列が英国の野ネズミとフランスのウサギから検出されたが、後者の有病率は5％であった。最後に、フランス産ウサギウイルスの腸内で発見された高度に発散性のあるピコルナ様ウイルスは、アミノ酸レベルでアリウイルスと類似していたのは～35％に過ぎず、.NETの中に新規ウイルス属が存在することを示唆している。

The advent of unbiased metagenomic virus discovery has revolutionized studies of virus biodiversity and evolution. Despite this, our knowledge of the virosphere, including in mammalian species, remains limited. We used unbiased metagenomic sequencing to identify RNA viruses in European field voles and rabbits. Accordingly, we identified a number of novel RNA viruses including astrovirus, rotavirus A, picorna-like virus and a morbilli-like paramyxovirus. In addition, we identified a sobemovirus and a novel luteovirus that likely originated from the rabbit diet. These newly discovered viruses were often divergent from those previously described. The novel astrovirus was most closely related to a virus sampled from the rodent-eating European roller bird (). PCR screening revealed that the novel morbilli-like paramyxovirus in the UK field vole had a prevalence of approximately 4%, and shared common ancestry with other rodent morbilli-like viruses sampled globally. Two novel rotavirus A sequences were detected in a UK field vole and a French rabbit, the latter with a prevalence of 5%. Finally, a highly divergent picorna-like virus found in the gut of the French rabbit virus was only ~35% similar to an arilivirus at the amino acid level, suggesting the presence of a novel viral genus within the .